Ubuntuのセットアップ

install

参考ページ
Ubuntuをインストールするには
CD-ROM,DVD-ROMから起動するには

まず、電源ＯＮ。
→メモリーチェック後、「press ◯　to enter setup」など出るので、そのとおり入力。
→起動ディスクの設定画面が出るので、CDから起動するように設定し、CDをドライブに入れる。
→再起動し、CDの画面にしたがってインストールする。
※パーティションを分割したい場合
参考ページ
homeパーティションを作ってデータをあらかじめ退避する

networkの接続

参考ページ:専攻のネットワーク利用の手引き

メニューバーから、システム→設定→Network configuration(ネットワーク接続)を開く。
「有線」タブを選択し、項目を作成(編集)する。「名前」や「接続名」は自由。内容は以下のように設定する。

接続の確認

#ping hadley1
で返事が帰って来ればOK。

プリンタの設定

メニューバー→System→システム管理→印刷
新規ボタンを押すと、プリンタの機種とIPアドレスがリスト表示される。
出たウインドウ左のメニュー→Network→LPD/LPRまたはプリンター
ホスト(例)：p841m1.eps.s.u-tokyo.ac.jp
キュー欄は空欄でよい。
Genericを選択
PostScript Printerを選択
プリンタ名、説明、場所：自分で分かるように記入。

メーラの設定

参考ページ
メーラソフトの設定
メーラ：thunderbirdをsynaptic managerからインストール
初回起動時は、メールアドレスや送信サーバなどを聞かれるので設定する。
（※ここではポート番号などを設定できないので、初回起動時はメールを受信できない。）
起動したら、詳細設定を以下のように行う。
thunderbirdのメニューバー→Edit→Account Settings
出たウインドウ左のメニュー→自分のアカウント→Server Settings
ポート番号995,SSL,authentication（認証）しない、メールチェックは15分程度以上に設定する。OKをクリック。
ツールバーのGet mail をクリック。
パスワードをきかれたら、専攻から発行されたIMAPパスワードを入力する。

アプリケーションのインストール

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
欲しいアプリをダブルクリック。タブから「適用」を選択する。

remote-login

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
install openssh-server。

for reading .emacs

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
install anthy-el。

install ifort

intelのHPから。手順は手元のメール添付のppt。
install中に、installを要求されるもの
g++
jre(→openjdk-6-jreにしてみたら動いた)　

lapackのインストール

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
入れたら動いた。
liblapack-dev
libatlas-dev
libatlas-base-dev
libblas-dev

ncdumpを使うには

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
netcdf-bin

時刻設定

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
ntpをインストール。
#sudo /etc/ntp.conf で
server atmos.eps.s.u-tokyo.jp を３行書く。
macはntpがもともと入っており、 /etc/ntp.confの記入も1行でokらしい。

vncを用いた画面のforwarding

送る側(ubuntu)はsynapticマネージャでvnc4serverをインストール。
　　#vncserver　　で送信。

ここで表示されるdisplayのポート番号が、以下で必要である。 受ける側は、macなら"Chicken of the vnc"をdmgからインストール。
起動したら、Host:(サーバー側PC名)、Display:displayport番号

接続の切断は、サーバー側で #vncserver -kill :displayport番号

gradsのインストール

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
で配布されているものは、ncファイルの読み込みが失敗するため、
grads本家からダウンロードすべき。(2010.11月現在)
gxepsなどが一緒にインストールされるが、パスを設定しないと使えないので注意すること。

cdoのインストール

cdoはドイツのMPIが開発したデータ解析ソフト。grb形式データの解析に非常に便利で高速かつ多機能。ECHAMの出力の解析に都合がよい。webからソースをとってくる。
ncファイルに対応したいならば、lib4cdoを先にインストールしなければならない。ここで２つのエラーに出くわした。
まず、curl-configがないためerrorとなったのでsynapticで検索してヒットしたライブラリを一つ入れた。
次にfortranコンパイラで引っかかったのは、aliasを設定していたのが原因だったので一時的に解除した。コンパイルエラーはソースディレクトリに作成されるconfig.logから具体的に推測できた。
次に、cdoをライブラリ引用オプションをつけてインストール（例ではnetcdfのみ）；
locate netcdf.h
でlib4cdoのdir内に見付かるので、
sudo ./configure --with-netcdf=[dir]/include
sudo make
sudo make install
新しい端末でcdoが動作する。

pingoのインストール

cdoとpingoあれば、.grbまたは.nc.の形式から、.grdと少しの編集でそれに対応できる.ctlを作成できる。webからソースをとってきてインストール。ubuntuではmacと異なりmakeはgmakeそのものであるようだ。ext.hを設定するようにマニュアルに書いてあるものの、何もせずconfigureしてmakeすれば問題なくインストールされた。

gradsのインストール

メニューバー→System→システム管理→Synaptic パッケージマネージャ
で配布されているものは、ncファイルの読み込みが失敗するため、
grads本家からダウンロードすべき。(2010.11月現在)
gxepsなどが一緒にインストールされるが、パスを設定しないと使えないので注意すること。

displayコマンドを使いたい

Imagemagickのソースをとってきてコンパイルする。新しい端末画面を開くと有効になる。
絵を表示しようとしたが、ライブラリのロードに失敗するなどとエラーが出たので、
　　#sudo ldconfig /usr/local/lib
とすると、解決した。(2011.6月)

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